Revolutsiooniline meetod Würzburgis: Üldtegevuse dekrüpteerimine!
Revolutsiooniline meetod Würzburgis: Üldtegevuse dekrüpteerimine!
Würzburg, Deutschland - Julius Maximiliansi ülikoolis (JMU) Würzburgis ja Helmholtzi instituudis RNA-põhiste nakkusuuringute instituudis (HIRI) töötati välja murranguline uus meetod bakterikolooniate geneetilise aktiivsuse analüüsimiseks. Uuenduslik tehnoloogia, mida tuntakse bakteriaalse MATQ-seqina, esindab ühe raku transkriptoomika varianti ja selle eesmärk on paremini mõista bakteriaalsete populatsioonide mitmekesisust, eriti patogeenide puhul. JMU andmetel pakub meetod rakkude kõrge peetuse määra 95%, mis käivitub varasematest protokollidest, mille kahjumi määr on kuni 70%. MATQ-Seq analüüsib ka 300 kuni 600 geeni aktiivsust bakterraku kohta.
Selle uurimistöö avaldamine ajakirjas loodusprotokollid sisaldab samm-sammult juhiseid individuaalsete bakterite transkriptoomide loomiseks ja kujutab seega väärtuslikku ressurssi teadlastele, kes tegelevad geeniekspressiooni analüüsiga. Kogu MATQ-Seq läbimise protsess võtab umbes viis päeva ja see sobib ideaalselt sadade rakkude väiksemate proovide jaoks, samas kui sadade tuhandete rakkudega suuremad proovid vajavad erinevaid protokolle, mis põhjustavad siiski kõrgemaid kadude määra ja vähem registreeritud geene.
tehnoloogia ja juurdepääsetavus
Nende arengute käigus käivitati Würzburgis mikroobse üherakulise RNA-seq (Microseq) keskus. Selle platvormi eesmärk on muuta tehnoloogiad ja teadmised uurimisrühmadele kättesaadavaks kogu maailmas. MicroSeq on osa Würzburgi üherakulisest keskusest, mis pakub ka üksikute eukarüootsete rakkude transkriptomanalüüsi. Selle metoodika abil ei saavuta uurimisrühmad mitte ainult alusuuringute valdkonnas eesmärke, vaid ka rakenduste orienteeritud uurimisprojekte, millel võib olla otsene mõju nakkusmehhanismide mõistmisele.Lisaks teatab Helmholtzi kogukond, et üksikrakkude RNA järjestamine (SCRNA-seq) annab ülevaate üksikute rakkude geeniekspressioonist ja regulatiivsetest võrkudest. See tehnoloogia oli optimeeritud vastavalt mikroobide uuringute nõuetele ja väljakutsetele. Leiti, et protseduur on tugevam ja geneetilise teabe lugemisel on vähenenud rikke määr. Enne seda paranemist andsid varasemad tehnikad, nagu näiteks massiline RNA järjestamine rakupopulatsiooni keskmised väärtused, mida ei olnud võimalik registreerida erinevusi üksikute bakterite vahel.
uurimistulemused ja väljakutsed
Uurimistöö, mida juhib molekulaarse infektsiooni bioloogia ja Hiri instituudi direktor Jörg Vogel, on juba näidanud edu Salmonella uue meetodi valideerimisel erinevates kasvutingimustes. Selle tehnika abil on nüüd võimalik näidata spetsiifilisi regulatiivseid väikeseid rahnasid (SRNA -sid) ühe raku tasemel ja kinnitada fenotüüpilist heterogeensust rakupopulatsioonis.
Parandused võimaldavad uurida ka rakkude aktiivsust normaalses seisundis ja reaktsioonides ravimitele, mis on uute terapeutiliste lähenemisviiside väljatöötamisel ülioluline. Väljakutseid, eriti väikeste rakkude suurusega võrreldes eukarüootidega, käsitleti edukalt rakkude lüüsi adaptiivsete meetoditega ja bakteriaalsete transkriptide registreerimiseks.
See edasiminek avas ühe raku RNA järjestamise uue peatüki, mis mitte ainult ei võimalda juurdepääsu täpsematele andmetele, vaid toetab ka uurimist bakterite kohandamisel selle ümbrusega. Selle uuringu täielikud tulemused on avaldatud ajakirjas mbio ja need võivad anda olulise panuse nakkusprotsesside mõistmisse.
Huvitatud lugejatele leiate lisateavet selle uurimissuuna arengu kohta vastavates teadusartiklites ja asjaosaliste veebisaitidelt. JMU teatab, et See uus metoodika pakub suurepäraseid võimalusi bakterite mitmekesisuse ja nende kohanemismehhanismide mõistmiseks. Uuenduslike uurimismeetodite toetamine on ülioluline bakteriaalsete infektsioonide vastu võitlemisel ja uute ravimeetodite väljatöötamisel. Lisateavet on ka Loodusprotokollid ja Helmholtz-gemeinschaft
| Details | |
|---|---|
| Ort | Würzburg, Deutschland |
| Quellen | |