Metodo rivoluzionario in Würzburg: Decrypts General Activity!

Metodo rivoluzionario in Würzburg: Decrypts General Activity!

Würzburg, Deutschland - Un nuovo metodo rivoluzionario per analizzare l'attività genetica nelle colonie batteriche è stato sviluppato presso la Julius Maximilians University (JMU) Würzburg e presso l'Istituto Helmholtz per la ricerca sulle infezioni a base di RNA (HIRI). La tecnologia innovativa, nota come MATQ-seq batterica, rappresenta una variante della trascrittomica a cellule singole e mira a comprendere meglio la diversità all'interno delle popolazioni batteriche, specialmente nel caso degli agenti patogeni. Secondo la JMU, il metodo offre un alto tasso di ritenzione cellulare del 95%, che decolla da protocolli precedenti che hanno un tasso di perdita fino al 70%. MATQ-seq analizza anche l'attività da 300 a 600 geni per cellula batterica.

La pubblicazione di questo lavoro di ricerca nella rivista Nature Protocols include istruzioni passo-passo per la creazione di singoli trascrizioni di batteri e rappresenta quindi una risorsa preziosa per gli scienziati che affrontano l'analisi dell'espressione genica. L'intero processo per lo svolgimento di Matq-seq richiede circa cinque giorni ed è ideale per campioni più piccoli di centinaia di cellule, mentre campioni più grandi con centinaia di migliaia di cellule richiedono protocolli diversi, che, tuttavia, comportano tassi di perdita più elevati e geni meno registrati.

tecnologia e accessibilità

Inoltre, la comunità di Helmholtz riferisce che il sequenziamento dell'RNA a cellula singola (SCRNA-seq) fornisce approfondimenti sull'espressione genica e le reti regolatori delle singole cellule. Questa tecnologia è stata ottimizzata in conformità con i requisiti e le sfide della ricerca sui microbi. È stato riscontrato che la procedura è più robusta e ha un tasso di fallimento ridotto quando si leggono le informazioni genetiche. Prima di questo miglioramento, tecniche precedenti come il sequenziamento dell'RNA di massa fornivano solo valori medi di una popolazione cellulare, che non potevano essere registrate differenze tra i singoli batteri.

Risultati della ricerca e sfide

Il lavoro di ricerca, guidato da Jörg Vogel, direttore dell'Istituto per la biologia delle infezioni molecolari e HIRI, ha già mostrato successo nella convalida del nuovo metodo di Salmonella in varie condizioni di crescita. Con questa tecnica è ora possibile dimostrare piccoli rahnas regolamentari (SRNA) a livello di singola cellula e confermare l'eterogeneità fenotipica all'interno di una popolazione cellulare.

I miglioramenti consentono anche l'esame delle attività cellulari in condizioni normali e le reazioni ai farmaci, che è di fondamentale importanza per lo sviluppo di nuovi approcci terapeutici. Le sfide, in particolare le dimensioni delle piccole cellule rispetto agli eucarioti, sono state affrontate con successo mediante metodi adattivi per la lisi cellulare e registrando trascrizioni batteriche.

Questo progresso ha aperto un nuovo capitolo nel sequenziamento dell'RNA a cella singola, che non solo consente l'accesso a dati più precisi, ma supporta anche la ricerca sull'adattamento dei batteri ai suoi dintorni. I risultati completi di questo studio sono pubblicati sulla rivista mBio e potrebbero dare un contributo significativo alla comprensione dei processi di infezione.

Per i lettori interessati, ulteriori informazioni sugli sviluppi in questa direzione di ricerca sono disponibili nei corrispondenti articoli scientifici e sui siti Web delle istituzioni coinvolte. La JMU riferisce che Questa nuova metodologia offre grandi opportunità per la comprensione della diversità batterica e dei loro meccanismi di adattamento. Il supporto di approcci di ricerca innovativi è cruciale per la lotta alle infezioni batteriche e per lo sviluppo di nuovi approcci terapeutici. Ulteriori dettagli sono anche in Protocolli naturali e al helmholtz-ghemeinschaft