Revolutionaire methode in Würzburg: algemene activiteitdecrypts!

Revolutionaire methode in Würzburg: algemene activiteitdecrypts!

Würzburg, Deutschland - Een baanbrekende nieuwe methode voor het analyseren van genetische activiteit in bacteriële kolonies werd ontwikkeld in de Julius Maximilians University (JMU) Würzburg en aan het Helmholtz Institute for RNA-gebaseerde infectieonderzoek (HIRI). De innovatieve technologie, bekend als bacteriële MATQ-seq, vertegenwoordigt een variant van transcriptomica van enkele cellen en is bedoeld om de diversiteit binnen bacteriepopulaties beter te begrijpen, vooral in het geval van pathogenen. Volgens de JMU biedt de methode een hoge celretentiegraad van 95%, dat van eerdere protocollen van plaats gaat met een verliespercentage tot 70%. MATQ-Seq analyseert ook de activiteit van 300 tot 600 genen per bacteriële cel.

De publicatie van dit onderzoekswerk in het tijdschrift Nature Protocols bevat een stapsgewijze instructies voor het creëren van individuele bacterie-transcriptoms en is dus een waardevolle bron voor wetenschappers die betrekking hebben op de analyse van genexpressie. Het hele proces voor het uitvoeren van MATQ-Seq duurt ongeveer vijf dagen en is ideaal voor kleinere monsters van honderden cellen, terwijl grotere monsters met honderdduizenden cellen verschillende protocollen vereisen, wat echter resulteert in hogere verliessnelheden en minder geregistreerde genen.

Technologie en toegankelijkheid

Bovendien meldt de Helmholtz-gemeenschap dat de Single Cell RNA-sequencing (scRNA-seq) inzicht biedt in genexpressie en regulerende netwerken van individuele cellen. Deze technologie werd geoptimaliseerd in overeenstemming met de vereisten en uitdagingen van microbenonderzoek. Het bleek dat de procedure robuuster is en een verlaagd faalpercentage heeft bij het lezen van genetische informatie. Vóór deze verbetering boden eerdere technieken zoals massa -RNA -sequencing alleen gemiddelde waarden van een celpopulatie, die geen verschillen konden worden geregistreerd tussen individuele bacteriën.

onderzoeksresultaten en uitdagingen

Het onderzoekswerk, geleid door Jörg Vogel, directeur van het Institute for Molecular Infection Biology en HIRI, heeft al succes aangetoond bij de validatie van de nieuwe methode van Salmonella onder verschillende groeiomstandigheden. Met deze techniek is het nu mogelijk om specifieke regulerende kleine rahna's (SRNA's) op een enkel celniveau aan te tonen en de fenotypische heterogeniteit binnen een celpopulatie te bevestigen.

De verbeteringen maken ook het onderzoek van celactiviteiten mogelijk in normale toestand en reacties op medicatie, wat van cruciaal belang is voor de ontwikkeling van nieuwe therapeutische benaderingen. De uitdagingen, met name de kleine celgroottes in vergelijking met eukaryoten, werden met succes aangepakt door adaptieve methoden voor cellysis en het opnemen van bacteriële transcripten.

Deze voortgang opende een nieuw hoofdstuk in de RNA -sequencing met enkele cellen, die niet alleen toegang tot meer precieze gegevens mogelijk maakt, maar ook onderzoek ondersteunt naar de aanpassing van bacteriën aan de omgeving. De volledige resultaten van deze studie worden gepubliceerd in het tijdschrift mbio en kunnen een belangrijke bijdrage leveren aan het begrijpen van infectieprocessen.

Voor geïnteresseerde lezers is meer informatie over de ontwikkelingen in deze onderzoeksrichting te vinden in de overeenkomstige wetenschappelijke artikelen en op de websites van de betrokken instellingen. De JMU meldt dat Deze nieuwe methode biedt grote kansen voor het begrip van bacteriële diversiteit en hun advertentiemechanismen. De ondersteuning van innovatieve onderzoeksbenaderingen is cruciaal voor het bestrijden van bacteriële infecties en de ontwikkeling van nieuwe therapiebenaderingen. Verdere details zijn ook in Nature Protocols en op de helmholtz-gemeinschaft