Metoda rewolucyjna w Würzburgu: Ogólne odszyfrowanie aktywności!
Metoda rewolucyjna w Würzburgu: Ogólne odszyfrowanie aktywności!
Würzburg, Deutschland - Na Uniwersytecie Julius Maximilians University (HIRI) opracowano przełomową nową metodę analizy aktywności genetycznej w koloniach bakteryjnych (JMU) i w Helmholtz Institute for Infection Infection Research (HIRI). Innowacyjna technologia, znana jako bakteryjna MATQ-Seq, reprezentuje wariant transkryptomiki pojedynczej komórki i ma na celu lepsze zrozumienie różnorodności w populacjach bakteryjnych, szczególnie w przypadku patogenów. Według JMU metoda oferuje wysoki wskaźnik retencji komórek wynoszący 95%, co uruchamia się od poprzednich protokołów, które mają wskaźnik strat do 70%. MATQ-Seq analizuje również aktywność 300 do 600 genów na komórkę bakteryjną.
Publikacja tych prac badawczych w czasopiśmie Protokoły natury zawiera instrukcje krok po kroku dotyczące tworzenia poszczególnych transkryptomów bakterii, a zatem stanowi cenny zasób dla naukowców, którzy zajmują się analizą ekspresji genów. Cały proces przeprowadzania MATQ-Seq trwa około pięciu dni i jest idealny do mniejszych próbek setek komórek, podczas gdy większe próbki z setkami tysięcy komórek wymagają różnych protokołów, co powoduje jednak wyższe wskaźniki strat i mniej zarejestrowane geny.
Technologia i dostępność
W trakcie tych wydarzeń w Würzburgu uruchomiono Centrum Mikrobialowej RNA-Seq (Microseq). Ta platforma ma na celu udostępnienie technologii i wiedzy specjalistycznej dla grup badawczych na całym świecie. Microseq jest częścią jednokomórkowych centrum Würzburga, które oferuje również transkryptomanalizacje poszczególnych komórek eukariotycznych. Dzięki tej metodologii zespoły badawcze nie tylko realizują cele w dziedzinie badań podstawowych, ale także zorientowane na aplikacje projekty badawcze, które mogą mieć bezpośredni wpływ na zrozumienie mechanizmów zakażenia. Ponadto społeczność Helmholtza informuje, że sekwencjonowanie RNA jednokomórkowej (SCRNA-Seq) zapewnia wgląd w ekspresję genów i sieci regulacyjne poszczególnych komórek. Technologia ta została zoptymalizowana zgodnie z wymaganiami i wyzwaniami badań drobnoustrojów. Stwierdzono, że procedura jest bardziej solidna i ma zmniejszony wskaźnik awarii podczas czytania informacji genetycznych. Przed tym ulepszeniem wcześniejsze techniki, takie jak sekwencjonowanie masowego RNA, zapewniły jedynie średnie wartości populacji komórek, których nie można zarejestrować różnic między poszczególnymi bakteriami.Wyniki badań i wyzwania
Prace badawcze, prowadzone przez Jörga Vogela, dyrektora Instytutu Biologii Infekcji Molekularnej i HIRI, wykazały już sukces w walidacji nowej metody Salmonelli w różnych warunkach wzrostu. Dzięki tej technice można teraz wykazać specyficzne regulacyjne małe rahny (SRNA) na poziomie pojedynczej komórki i potwierdzić fenotypową heterogeniczność w populacji komórkowej.
Ulepszenia umożliwiają również badanie aktywności komórkowej w normalnym stanie i reakcje na leki, co ma kluczowe znaczenie dla rozwoju nowych podejść terapeutycznych. Wyzwania, w szczególności małe rozmiary komórek w porównaniu do eukariontów, zostały skutecznie rozwiązane metodami adaptacyjnymi do lizy komórek i rejestrowania transkryptów bakteryjnych.
Postęp ten otworzył nowy rozdział w sekwencjonowaniu RNA jednokomórkowej, który nie tylko umożliwia dostęp do bardziej precyzyjnych danych, ale także wspiera badania nad adaptacją bakterii do otoczenia. Pełne wyniki tego badania są opublikowane w czasopiśmie Mbio i mogą wnieść znaczący wkład w zrozumienie procesów infekcji.
W przypadku zainteresowanych czytelników więcej informacji o rozwoju tego kierunku badań można znaleźć w odpowiednich artykułach naukowych i na stronach internetowych zaangażowanych instytucji. JMU informuje, że Ta nowa metodologia oferuje wielkie możliwości zrozumienia różnorodności bakteryjnej i ich mechanizmów adaptacyjnych. Wsparcie innowacyjnych podejść badawczych ma kluczowe znaczenie dla zwalczania infekcji bakteryjnych i opracowywania nowych metod terapii. Dalsze szczegóły są również w protokoły natury oraz na helmholtz-gemeinschaft
| Details | |
|---|---|
| Ort | Würzburg, Deutschland |
| Quellen | |