Revolucionarna metoda v Würzburgu: dešifriranje splošnih dejavnosti!
Revolucionarna metoda v Würzburgu: dešifriranje splošnih dejavnosti!
Würzburg, Deutschland - Prelomna nova metoda za analizo genetske aktivnosti v bakterijskih kolonijah je bila razvita na univerzi Julius Maximilians (JMU) Würzburg in na Inštitutu Helmholtz za raziskave okužbe na osnovi RNA (HIRI). Inovativna tehnologija, znana kot bakterijska Matq-seq, predstavlja različico transkriptomike posameznih celic in želi bolje razumeti raznolikost znotraj bakterijskih populacij, zlasti v primeru patogenov. Glede na JMU metoda ponuja visoko stopnjo zadrževanja celic 95%, ki se odpravlja iz prejšnjih protokolov, ki imajo stopnjo izgube do 70%. Matq-seq analizira tudi aktivnost od 300 do 600 genov na bakterijsko celico.
Objava tega raziskovalnega dela v reviji Nature protokoli vključuje navodila po korakih za ustvarjanje transkriptov posameznih bakterij in tako predstavlja dragocen vir za znanstvenike, ki se ukvarjajo z analizo izražanja genov. Celoten postopek za izvajanje MATQ-Seq traja približno pet dni in je idealen za manjše vzorce na stotine celic, medtem ko večji vzorci s sto tisoč celic potrebujejo različne protokole, kar pa povzroči višje stopnje izgube in manj zabeleženih genov.
tehnologija in dostopnost
V teh dogodkih je bil v Würzburgu predstavljen Center za mikrobno enocelično RNA-seq (Microseq). Namen te platforme je narediti tehnologije in strokovno znanje dostopne raziskovalnim skupinam po vsem svetu. Microseq je del enoceličnega centra Würzburg, ki ponuja tudi transkriptomanalize posameznih evkariontskih celic. S to metodologijo raziskovalne skupine ne zasledujejo samo ciljev na področju osnovnih raziskav, temveč tudi raziskovalne projekte, usmerjene v aplikacijo, ki bi lahko neposredno vplivali na razumevanje mehanizmov okužbe.Poleg tega skupnost Helmholtz poroča, da sekvenciranje RNA z eno celico (SCRNA-seq) zagotavlja vpogled v gensko ekspresijo in regulativne mreže posameznih celic. Ta tehnologija je bila optimizirana v skladu z zahtevami in izzivi raziskav mikrobov. Ugotovljeno je bilo, da je postopek močnejši in ima pri branju genetskih informacij znižano stopnjo odpovedi. Pred tem izboljšanjem so zgodnejše tehnike, kot je sekvenciranje mase RNA, le zagotavljale povprečne vrednosti celične populacije, ki jih ni bilo mogoče zabeležiti razlik med posameznimi bakterijami.
Rezultati in izzivi raziskav
Raziskovalno delo, ki ga je vodil Jörg Vogel, direktor Inštituta za biologijo molekularne okužbe in HIRI, je že pokazalo uspeh pri potrditvi nove metode salmonele v različnih pogojih rasti. S to tehniko je zdaj mogoče prikazati specifične regulativne majhne rahne (sRNA) na ravni posameznih celic in potrditi fenotipsko heterogenost znotraj celične populacije.
Izboljšave omogočajo tudi preučitev celičnih aktivnosti v normalnem stanju in reakcijah na zdravila, kar je ključnega pomena za razvoj novih terapevtskih pristopov. Izzive, zlasti majhne celične velikosti v primerjavi z evkarioti, so bile uspešno obravnavane s prilagodljivimi metodami za lizo celic in snemanje bakterijskih prepisov.
Ta napredek je odprl novo poglavje v sekvenciranju RNA z eno celico, ki ne omogoča le dostopa do natančnejših podatkov, ampak tudi podpira raziskave o prilagajanju bakterij na okolico. Celotni rezultati te študije so objavljeni v reviji mbio in bi lahko pomembno prispevali k razumevanju procesov okužbe.
Za zainteresirane bralce je več informacij o razvoju v tej raziskovalni smeri najdete v ustreznih znanstvenih člankih in na spletnih straneh vključenih institucij. jmu poroča, da Ta nova metodologija ponuja veliko priložnosti za razumevanje bakterijske raznolikosti in njihovih prilagoditvenih mehanizmov. Podpora inovativnih raziskovalnih pristopov je ključnega pomena za boj proti bakterijskim okužbam in razvoju novih pristopov terapije. Nadaljnje podrobnosti so tudi v Nature protokoli in pri Helmholtz-Gemeinschaft
| Details | |
|---|---|
| Ort | Würzburg, Deutschland |
| Quellen | |