Forradalmi módszer Würzburgban: Általános tevékenység dekódol!

Forradalmi módszer Würzburgban: Általános tevékenység dekódol!

Würzburg, Deutschland - A Julius Maximilians Egyetemen (JMU) Würzburgban és a Helmholtz RNS-alapú fertőzéskutatási Intézetben (JMU) a bakteriális kolóniák genetikai aktivitásának elemzésére úttörő új módszert fejlesztettek ki. Az innovatív technológia, az úgynevezett bakteriális matq-seq, az egysejt-transzkriptika egy változatát képviseli, és célja a baktériumpopulációk sokféleségének megértése, különösen a kórokozók esetében. A JMU szerint a módszer magas cellás visszatartási arányt kínál, amely 95%, amely elindul a korábbi protokolloktól, amelyek veszteségi aránya akár 70%is lehet. A MATQ-seq a baktériumsejtenként 300–600 gén aktivitását is elemzi.

Ennek a kutatási munkának a folyóiratban történő közzététele Nature Protocols lépésről lépésre tartalmazza az egyes baktériumok transzkriptomjainak létrehozására szolgáló utasításokat, és így értékes forrást jelent azoknak a tudósoknak, akik a génexpresszió elemzésével foglalkoznak. A MATQ-seq végrehajtásának teljes folyamata körülbelül öt napot vesz igénybe, és ideális több száz sejtből származó kisebb mintákhoz, míg a több százezer sejtnél nagyobb minták különböző protokollokat igényelnek, ami azonban magasabb veszteségi sebességet és kevésbé rögzített géneket eredményez.

Technológia és akadálymentesség

Ezenkívül a Helmholtz közösség arról számol be, hogy az egysejtes RNS szekvenálás (SCRNA-SEQ) betekintést nyújt az egyes sejtek génexpressziójába és szabályozó hálózataiba. Ezt a technológiát a mikrobák kutatásának követelményeivel és kihívásaival összhangban optimalizálták. Megállapítást nyert, hogy az eljárás robusztusabb, és a genetikai információk olvasásakor csökkent a hibaarány. A javulás előtt a korábbi technikák, például a tömeg RNS -szekvenálása csak a sejtpopuláció átlagos értékeit biztosították, amelyeket nem lehetett feljegyezni az egyes baktériumok közötti különbségeket.

Kutatási eredmények és kihívások

A kutatási munka, amelyet Jörg Vogel, a Molekuláris Fertőzés Biológiai és HIRI Intézet igazgatója vezet, már sikeres volt a Salmonella új módszerének validálásában különböző növekedési körülmények között. Ezzel a technikával most már lehetséges a specifikus szabályozó kis Rahnák (SRNA -k) egysejtes szinten bemutatni, és megerősíthetjük a sejtpopuláció fenotípusos heterogenitását.

A fejlesztések lehetővé teszik a sejtaktivitások normál állapotban történő vizsgálatát és a gyógyszeres kezelésre adott reakciókat is, amelyek döntő jelentőséggel bírnak az új terápiás megközelítések kidolgozása szempontjából. A kihívásokat, különösen az eukariótákhoz képest a kis sejtek méretét, sikeresen kezelik a sejtlízis adaptív módszereivel és a baktériumok átiratának rögzítésére.

Ez az előrelépés új fejezetet nyitott az egysejtes RNS szekvenálásban, amely nemcsak lehetővé teszi a pontosabb adatokhoz való hozzáférést, hanem támogatja a baktériumok környezetéhez való alkalmazkodásának kutatását is. A tanulmány teljes eredményeit a mbio folyóiratban teszik közzé, és jelentősen hozzájárulhat a fertőzési folyamatok megértéséhez.

Az érdeklődő olvasók számára a kutatási irányban végzett fejleményekről további információk találhatók a megfelelő tudományos cikkekben és az érintett intézmények webhelyein. A JMU jelentése szerint ez az új módszer nagy lehetőségeket kínál a bakteriális sokszínűség és az adaptációs mechanizmusok megértésére. Az innovatív kutatási megközelítések támogatása döntő jelentőségű a bakteriális fertőzések és az új terápiás megközelítések kialakulásához. További részletek a természetprotokollok és a Helmholtz-Gemeinschaft